摘要: 清远禾花鲤是稻渔综合种养的优良品种，具有较高的研究价值。该研究基于Illumina HiSeqTM 2000平台，对清远禾花鲤和华南鲤背部肌肉进行了转录组测序。经de nevo组装，在清远禾花鲤样本中获得39210个Unigene，在华南鲤样品中获得38096个Unigene。共筛选出差异表达基因4395个，其中禾花鲤相对华南鲤表达量上调的基因有4147个，下调的基因有2588个。GO功能富集结果显示，差异表达基因中注释到细胞组分的基因数最多，有2087个；注释到生物学过程基因有2051个；注释到分子功能的基因有890个。SNP分析在清远禾花鲤中鉴定出规格组中共鉴定出172164个SNPs，华南鲤中鉴定出166089个SNPs。此次研究结果为清远禾花鲤分子标记批量开发、功能相关基因挖掘以及分子遗传育种提供了理论数据支撑。